Šilalės krašto muziejus kūrimasis prasidėjo nuo 1962 metų, kai buvo įsteigtas Lietuvos kraštotyros draugijos Šilalės skyrius.

Šilalės kraštas turtingas archeologijos paminklų, kurie nebuvo ištyrinėti. Pradėjus aiškintis naujus archeologijos paminklus, juos tyrinėti, ėmė kauptis įvairūs radiniai. Organizuojant kraštotyros ekspedicijas, susikaupė senosios liaudies ir kitokių eksponatų. Šilalės rajono kraštotyrininkas Vladas Statkevičius, tuometinis Šilalės kraštotyros draugijos pirmininkas, nesutalpindamas pas save sukauptų eksponatų, daugelį jų perdavė Lietuvos Respublikos muziejams. Dalis šio kultūrinio palikimo susikaupė rajono mokyklų muziejuose, kita dalis eksponatų rado prieglobstį Upynos liaudies amatų muziejuje, kuriam vadovavo kraštotyrininkas Klemensas Lovčikas.

1976 m. muziejus gavo erdvias, specialiai muziejui įrengtas patalpas su ekspozicinėmis salėmis, vitražais, saugyklomis. Vadovu tapo Juozas Arcišauskas (dirbo iki 1986 m).

Aštuntame dešimtmetyje rajono mokyklose buvo naikinami istorijos – muziejaus kampeliai, todėl J. Arcišauskas daug eksponatų iš muziejaus parsivežė į Šilalės Kraštotyros muziejų. Muziejaus fondus papildė ir kraštotyrininko Vlado Statkevičiaus perduoti daugiau kaip 500 eksponatų. Ypač vertingi buvo archeologijos radiniai iš Šilalės rajono. Kraštotyros muziejus buvo Šiaulių „Aušros” muziejaus filialas.

Muziejuje pagal Šiaulių „Aušros” muziejaus vadovybės planą buvo ruošiamos įvairios parodos, jas muziejininkai ruošė ir savo iniciatyva. Buvo bendradarbiaujama su Šilalės kultūros skyriumi.

Nuo 1986 iki 1990 metų kraštotyros muziejui vadovavo jaunesnioji mokslinė bendradarbė Romualda Laugalienė.

Gintautas Tilmantas moksliniu bendradarbiu, muziejaus vadovu, direktoriumi dirbo nuo 1990 iki 1995 m.

1991 metais Šilalės kraštotyros muziejus tapo pavaldus Šilalės paminklotyros tarnybai. Muziejaus saugykla buvo įkurta vaikų muzikos mokyklos rusyje, muziejus – bibliotekos patalpose. Apie 1994 metus visi muziejaus eksponatai perkelti į Šilalės kultūros namus. Muziejaus darbininku nuo 1994 metų pradėjo dirbti Zigmantas Tilmantas.

1994 metais muziejui suteiktas Šilalės krašto muziejaus statusas, 1998 jis tapo pavaldus savivaldybės Viešąjai bibliotekai.

2005 m. spalio 1 d. Savivaldybės taryba įsteigė biudžetinę įstaigą Šilalės krašto muziejų kaip atskirą juridinį vienetą. 2006 m. liepos 27 d. muziejui suteiktas žymaus kraštotyrininko Vlado Statkevičiaus vardas.